Un des premiers objectifs d'AMS est la gestion de sites scientifiques, c'est pour cette raison que la structure du site se fait de manière arboressante. Ainsi le scientifique ou n'importe quel webmestre peut exprimer le plus librement et sans limite sa manière de pensée dans un classement naturel.
Pour comprendre la structure il faut imaginer un forum où les sujets au lieu de se trouver dans un tableau remplissant la page, se trouvent dans le menu du site. Chaque nouveau sujet ajoute un lien dans le menu général et compose les articles à la racine du site (articles racine). Lorsque l'on clique sur un titre du menu, alors sur la page s'affiche le texte de l'article sélectionné. De même qu'un sujet de forum peut avoir des réponses de manière arborescente, cet article peut se décliner en plusieurs liens (liens enfants).
